Markus Vogt studierte Theologie und Philosophie, promovierte zum Thema „Sozialdarwinismus“ und habilitierte über das „Prinzip Nachhaltigkeit“. Er war Mitarbeiter im Sachverständigenrat für Umweltfragen der Bundesregierung. Seit 1995 ist er Berater der Arbeitsgruppe für ökologische Fragen der Deutschen Bischofskonferenz. Bis 2007 war Vogt Professor für Christliche Sozialethik an der Philosophisch-Theologischen Hochschule Benediktbeuern und Leiter der dort von ihm begründeten Clearingstelle „Kirche und Umwelt“. Seit 2007 ist Vogt Professor für Christliche Sozialethik an der LMU München.
Vogt war maßgeblich daran beteiligt, das Thema Umweltschutz in die Christliche Sozialethik zu integrieren.